Podczas pobytu w muzeum obowiązkowo trzeba zobaczyć XIV-wieczną figurkę Madonny z Dzieciątkiem z Nowego Targu wykonaną przez Piotra Parlera. Na uwagę zasługuje również ręka egipskiej mumii pochodząca jeszcze z kolekcji księdza Szersznika. Podejrzewa się, że założyciel muzeum uratował ją przed sproszkowaniem przez aptekarzy (jeszcze w XIX wieku prochy mumii sprzedawano jako lekarstwo na różne dolegliwości). Innym nietypowym eksponatem jest „wybuchające biurko”, szafka posiadająca niewiarygodną ilość skrytek oraz mechanizm pozwalający na samoczynne otwarcie się zamaskowanej części. Po zwiedzaniu można odpocząć w Parku Pokoju, w którym w 1779 roku podpisano pokój kończący wojny prusko-austriackie. Warto zajrzeć też do Café Muzeum urządzonej w niegdysiejszej pałacowej stajni i skosztować słynnych magnoliowych deserów, które są wizytówką muzealnej restauracji.
